Didirikan untuk merespon cepatnya perkembangan teknologi dan inovasi-inovasi dalam pendidikan kedokteran-kesehatan. Perkembangan tersebut memacu kebutuhan suatu disiplin ilmu yang khusus mempelajari ilmu pendidikan kedokteran dan kesehatan. Adanya disiplin ilmu ini diharapkan dapat berkontribusi memberi berbagai alternatif solusi permasalahan di bidang pendidikan kedokteran dan kesehatan, sekaligus mengembangkan keilmuan itu sendiri.
Lahirnya Departemen Pendidikan Kedokteran (DPK) tidak lepas dari berbagai inovasi pendidikan yang telah dirintis oleh para senior di FK UGM. Terdapat beberapa tahapan kunci yang mengawali lahirnya Departemen Pendidikan Kedokteran:
- Program Pendidikan Kedokteran Komunitas – Periode Tahun 1987-1992
- Unit Pengembangan Pendidikan (UPP) – Periode Tahun 1992-1995
- Seksi Pengembangan Pendidikan (SPP) – Periode Tahun 1995-1999
- Bagian Pendidikan Kedokteran periode 1999-2006
- Departemen Pendidikan Kedokteran 2006-2017
- Departemen Pendidikan Kedokteran dan Bioetika 2017-sekarang
